Also eine funktionierende Lösung kann ich nicht anbieten, aber ich kann gerne mal ein paar Gedanken äußern.
Das Problem welches ich aus der Konsolenaudgabe herauslese besteht offensichtlich darin, dass die Datei iptables-allports.conf nicht überschrieben werden kann. Eine Datei kann im Allgemeinen nicht überschrieben werden wenn Sie geöffnet ist oder wenn keine ausreichenden Rechte bestehen. Deshalb würde ich folgendes versuchen:
1. Maschine rebooten. Dadurch werden alle Dateien geschlossen. Anschließend noch mal testen. Funktioniert das nicht, dann
2. an der Konsole den Befehl fwconsole chown ausführen. Dadurch werden alle Rechte der FreePBX-Dateien neu gesetzt. Ob fail2ban da mit dabei ist kann ich nicht sagen, aber einen Versuch ist es wert. Bringt das auch nichts dann
3. Die nicht überschreibbare Datei einfach mal umbenennen und dann das Update noch mal ausführen.
Und auf jeden Fall vorher ein Backup bzw. bei einer VM einen Snapshot machen.
Wenn das alles nichts bringt, würde ich die FreePBX neu aufsetzen und in der neuen Maschine ein Backup der alten wiederherstellen. Denn fail2ban ist ein wichtiges Feature, dass unbedingt funktionieren sollte.
Grüsse
aktualisiert.
